رودخانه گدارخوش از رودخانه های مرزی کشور در مرز ایران و عراق در استان ایلام محسوب می شود وبه دلیل مصارف آب رودخانه در بخش کشاورزی حائز اهمیت است. در این تحقیق ابتدا مطالعات لازم در زمینه شناسایی منابع آلاینده در طول رودخانه صورت گرفت و به منظور ارزیابی کیفیت آب رودخانه 10 ایستگاه نمونه برداری در سرشاخه ها و شاخه اصلی تعیین شد. در فصول مختلف سال 1381 نمونه برداری ها انجام شد و نمونه ها از نظر شاخص هایی نظیر درجه حرارت ، pH،EC ، کدورت ،شوری ،DO ،5BOD و... مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. بر اساس نتایج بدست آمده سرشاخه های گراب و چوار به دلیل دریافت فاضلاب های شهری و صنعتی ایلام آلودگی زیادی نسبت به سایر ایستگا ه ها داشتند ، به طوری که افزایش مقادیر 5BOD و کدورت در ایستگاه های 1 و 3 نشان دهنده این موضوع است. در مجموع با توجه به وضعیت خودپالایی رودخانه در ایستگاه های پایین دست شرایط برای زیست آبزیان بهبود یافته و جمعیت آنها افزایش می یابد. به منظور حفظ اکو سیستم رودخانه ، جلوگیری از تخلیه فاضلاب های شهری و صنعتی به داخل رودخانه و به کارگیری تصفیه خانه های مناسب ، برای تصفیه فاضلاب های مذکور و نظارت بر کیفیت آب رودخانه توصیه می شود.